■ 공동주택 및 표준주택 가격 조사, 토지보상 등 업무 부적정 
■ 공정성 없는 직원 채용으로 인사행정 투명성 훼손
■ 부장급 보직자에 직무급 지급하고도 시간외 수당 이중 지급
■ 수의계약 체결, 특정 업체에 특혜 제공

재산의 경제적 가치를 평가해 공정거래의 기초를 확립하고 이를 통해 국가경제 발전에 이바지할 목적으로 설립된 한국감정원. 주택법에 의한 주택가격동향 조사기관이기도 한 한국감정원이 감사원으로부터 부적절한 업무처리로 인해 공동주택가격의 신뢰성 훼손까지 우려된다는 지적을 받았다.
공동주택가격의 조사는 현장조사를 통해 ‘공동주택 특성 및 가격조사표’ 항목을 조사해 보관해야 하며 신뢰도 제고를 위해 공동주택의 전경사진을 매번 촬영, 전산 프로그램에 등록하도록 돼 있다. 하지만 감정원은 이와 관련해 출장기록 외에 조사자들이 실제 현장조사를 실시했는지 여부를 확인할 수 있는 현장조사표를 보관하지 않고 있으며 공동주택의 전경사진을 새로 등록하지 않아도 조사를 완료할 수 있도록 하고 있다.
감사원이 지난 2013년 10월부터 2014년 1월 출장기록부를 확인한 결과 3,360개 지역 중 932개 지역에서 조사자들의 출장기록이 없어 현장조사가 제대로 이뤄졌는지 검증할 수 없었던 것으로 나타났다. 출장기록이 없는 932개 지역 중 155개 지역을 선별, 696개 단지의 현장조사표를 확인한 결과 655개 단지(94.1%)의 현장조사표를 보관하지 않고 있었으며 619개 단지의 공동주택 사진도 새로 등록하지 않아 실제 조사자가 공동주택에 대한 현장조사를 했는지 여부를 확인할 수 없었다.
또 현장조사표에는 조사대상 공동주택 각 동의 승강기 설치상태, 대학 소재 여부(행정구역상 읍·면·동의 경우 반경 4㎞ 이내, 이 외 지역 2㎞ 이내) 등의 항목을 조사해 기재하도록 돼 있음에도 승강기안전관리원의 서울지역 승강기 운행 자료와 비교한 결과 1,183개 단지에 승강기가 설치돼 있음에도 없는 것으로 등록하고 있었으며 서울시 194개 단지를 표본조사한 결과 178개 단지 2㎞ 이내에 대학이 소재하는데도 대학이 없는 것으로 등록·관리하고 있었다.
감사원은 감정원에 공동주택의 특성정보를 잘못 관리해 공동주택가격의 신뢰성이 훼손될 우려가 있다며 잘못 조사한 결과를 실제상황에 맞게 수정하고 추후 관련 규정을 준수해 공동주택가격 조사·산정 업무에 만전을 기하라고 주의를 통보했다.
이외에도 국토부에서 위탁받아 수행하고 있는 ‘표준주택가격 조사·평가’ 업무 등도 부실하게 수행해 해당 감정평가사들에 대해 업무정지 등 행정처분 방안을 마련하라는 통보를 받았으며 2011년부터 현재까지 수행 중인 토지 보상업무에 있어서도 수령자의 세금 체납 여부를 확인하지 않고 보상금만 지급해 약 30억원이 결손처리 됐다.
내부 운영에 있어서도 감사원의 지적은 계속됐다. 근로기준법 제56조, 제63조, 동법 시행령 제34조의 규정에 따르면 시간외 수당은 관리·감독업무에 종사하는 관리자를 제외한 근로자를 대상으로 지급해야 한다. 하지만 한국감정원은 부장급 보직자에게 시간외 수당을 대신하는 직무급 8억168만원을 지급했음에도 2012년부터 2014년 9월까지 4억1,766만원을 시간외 수당으로 재차 지급했다.
전문계약직 등 직원 채용에서도 심사기준을 마련하지 않고 심사위원의 주관적인 판단에 의해 채용업무를 수행했으며 채용하기로 한 관련 분야 전공자와 다른 분야의 전공자를 채용했다. 특히 지난 2010년 5월부터 2012년 말까지 사옥을 대구시로 이전하기 위해 계약, 설계, 시공 등 건축 전반에 관한 외부전문가가 필요하다는 사유로 비공개로 이사회 의결을 거쳐 설계 및 시공 경력이 없는 사람을 이전추진단장(종합직 1급)으로 특별채용한 바 있다. 심지어 조직 내 직종 간 갈등을 해소한다는 사유로 비정규직 전문계약직을 경쟁절차 없이 종합직 4급(정규직)으로 특별채용하는 등 채용된 당사자들에게는 공정한 경쟁시험 없이 채용되는 특혜를 주고 응시자격을 갖춘 다른 사람들에게는 응시 기회를 주지 않는 등 인사행정의 공정성·투명성을 떨어뜨렸다는 강도 높은 지적을 받았다.  
이외에도 대구 사옥 이전 시 직원의 선호도를 반영한다는 등의 사유로 특정 업체를 계약 대상자로 임의 선정, 수의계약을 체결해 공정한 거래 및 계약질서를 훼손했고 감정원이 보유하고 있는 콘도회원권 등에 대한 손상검사를 하지 않아 당시 순이익을 과다계상하는 등 기본적 회계 업무에 대한 숙지 부족도 드러냈다.